Крајем 18. и почетком 19. века манастир Фенек је био у центру неколико историјских догађаја. У њему су се 1788. састали кнез Алекса Ненадовић и аустријски цар Јосиф II. После пропасти Првог српског устанка 1813. у њему су месец дана боравили вожд Карађорђе и његов син Алекса, о чему постоји и спомен плоча. Такође том приликом све до 1815. овде су боравили студенички монаси заједно са моштима св. краља Стефана Првовенчаног (у монаштву Симона). Ту је био и један Карађорђев сусрет са протом Матејом.
У Првом светском рату манастир је запаљен, а у Другом 1942. године готово сасвим разорен.
Значајнију обнову покренуо је 1990. године епископ сремски Господин Василије, а највећи приложници били су Општина Земун, фармацеутска компанија «ICN Galenika» и верни народ. Опсежни радови су завршени 1991. године, када је обновљени храм Свете Петке осветио блаженопочивши патријарх српски Павле.
Како су у манастиру остале само две старије монахиње, договором надлежних епископа, сремског Василија и рашко-призренског Артемија, манастир 2006. године поново постаје мушки. У Фенек долазе игуман, архимандрит Михаило (Тошић) из Сопоћана, протосинђел Макарије (Ристић) из Дечана и јерођакон Марко (Ивановић) из Сопоћана. Две године касније, игуман Михаило добија на управу манастир Свети Архангели код Призрена, а на месту игумана наслеђује га отац Макарије. Тако садашње братство чине: игуман, архимандрит Макарије (Ристић), јерођакон Марко (Ивановић), јерођакон Нектарије (Михаиловић); монаси: Јустин (Војкић), Николај (Стојсављевић), Георгије (Мирковић)
Последњих година манастир се константно развија како духовно тако и материјално: aсфалтиран је пут до манастира, уведени су вода и гас, порта је ограђена зидом, засађени су виногради, саграђена је манастирска винарија. Братство се бави пољопривредом, виноградарством, пчеларством и производњом вина, ракије и лековитих производа на бази биља. Манастир се издржава и обнавља углавном од властитог рада и ретких донација добрих људи.
